存在许多容易被忽视的隐藏机制和技巧。首先需要明确的是，团本分为多个阶段，每个阶段都有特定的触发条件和战斗策略。例如忍界大战团本第一阶段需要击退成群的白绝分身，使用技能范围广或控制能力强的忍者能显著提升效率，而第二阶段则会面对忍刀七人众中的四名BOSS，需要四个小队分别挑战。合理利用这些阶段特性是高效通关的基础。
团队搭配是团战成功的关键因素之一，但许多玩家仅关注输出能力而忽视平衡性。理想的阵容应包含输出位、辅助位和治疗位三种角色，其中输出位推荐宇智波鼬、漩涡鸣人等高爆发忍者，辅助位可选择春野樱、旗木卡卡西等提供控制或增益效果的角色，治疗位则建议使用漩涡玖辛奈、宇智波斑等具备恢复能力的忍者。这种互补型阵容能应对团战中各种复杂情况。
忍者技能的特殊联动机制也是隐藏门道之一。部分忍者在特定地图或对战条件下会触发特殊彩蛋效果，例如木叶忍者在公园地图战败时会召唤医疗忍者进行治疗，而樱花地图中女性忍者战败则会触发天降圣光的视觉效果。虽然这些彩蛋不影响实际战力，但掌握这些机制可以更好地理解游戏设计逻辑。
资源管理和技能释放时机往往决定团战胜负。阿修罗这类忍者需要通过连续攻击触发被动技能火影之怒来提升攻击力，因此在战斗中需要规划技能连招顺序，如一技能接二技能造成击飞加持续伤害，或在关键时刻使用大招制造眩晕效果。同时要注意走位躲避敌方技能，在敌人技能释放后迅速反击。
最后需要关注的是忍具系统对团战的影响。忍具藏馆中收集的装备能提供属性加成和特殊技能效果，通过合成、升级、精炼和镶嵌等操作可以强化忍具性能。例如止水套装和水门套装在前期性价比较高，而后期则可追求究痛楚等高级套装。合理回收不需要的忍具也能获得强化资源。
