最基础的升级方式是在游戏内的商店系统中完成。玩家需要进入迷迭岛地图，在神秘森林区域找到商人并与之对话，即可进入商店界面。在商店页面上方的购买物品选项中，可以选择需要升级的神器进行操作。这种方法消耗的是游戏内的货币，能够直接提升神器的基础属性，是大多数玩家最常使用的强化手段。
完成游戏设定的特定任务和挑战是解锁高级神器升级资格的核心方式。游戏设置了多层任务线，玩家需要击败各章节的最终BOSS才能解锁对应神器的满级状态。完成第一章的最后一个任务可以奖励圣剑的升级权限，后续章节则分别对应圣盾、圣弓和圣杖的升级能力。这种升级方式与游戏进程深度绑定，要求玩家具备通关相应关卡的实力。
工匠系统为神器提供了额外的属性强化方案。当玩家在闯关过程中进入感叹号房间并遇见工匠时，可以支付金币让其打造随机配件。这些配件主要分为两类：增益类配件可以提升武器的攻击力、暴击率等基础属性；宝石类配件则能为武器附加火系、毒系等元素伤害效果。需每件武器通常只能安装一个配件，且部分特殊武器可能无法进行此类升级。
对于古大陆神器这类特定神器，其升级依赖于碎片的收集、属性的提升、强化合成以及凑齐套装。金币也是升级过程中不可或缺的消耗品，玩家可以通过开启宝箱或击败怪物来获取升级所需的部件。探索性玩法也提供了升级途径，例如在迷迭岛地图中寻找隐藏的雕像并完成系列挑战任务，有机会获得宝箱钥匙，开启宝箱后不仅能得到神话武器，还有概率获取稀有的升级材料。
神器的升级还能通过消耗一种名为神器精华的专用材料来进行。玩家可以通过完成日常任务、参与特定挑战以及游戏内的特殊事件来获取神器精华。如果拥有重复或不需要的神器，也可以选择分解它们来换取精华。当收集到足够的材料后，在神器界面选择目标神器并消耗精华，即可完成等级提升。游戏内的神器强化系统还提供了进阶改造功能，允许玩家在通关间隙花费金币进行部件品质进阶、属性升级或属性重铸，从而进一步优化神器性能。
