副本挑战要求玩家了解不同类型的副本及其特定规则，如主线副本、精英副本、神界记忆和日常副本。这些副本各有定位，主线副本用于剧情推进和经验获取，精英副本则产出天启道具和高品质魂师碎片，日常副本提供稳定的魂币与体力资源。成功挑战需要先通过副本界面进入，采用自动战斗方式，但魂师组合与装备配置直接影响胜负。
进入副本通常有等级、名望或解锁条件限制，例如部分高级副本如神界大陆要求在50级左右，入口位于主城，而精英副本和神界记忆需玩家达到一定等级才可开启。斗魂场等实时玩法虽然进入门槛较低，但需消耗疲劳值，且每周有挑战次数上限，玩家须合理规划资源，避免浪费。
副本挑战的规则包括次数限制和资源消耗机制，如日常副本每日限次攻打，斗魂场每周最多挑战三次，每次扣除疲劳值。在协作类副本中，如好友副本挑战，要求玩家之间匹配得当，提前了解敌人特性，并制定战斗策略，通过及时沟通来应对突发状况。
副本挑战的策略要求基于魂师阵营与特性选择，游戏分为善良、邪恶、兽族和中立阵营，不同阵营魂师有回怒、暴击或状态持续等优势。玩家须依据副本敌人特点搭配阵容，并注重魂师培养，包括魂环突破、天启系统升级和装备强化，方能有效提升战力。
副本奖励以满足玩家成长需求为核心，包括经验、魂币、魂师碎片和装备碎片。主线关卡是经验主要来源，精英关卡掉落稀有装备，而神禁之地等玩法用荣誉兑换碎片。通过合理利用摇钱树、公会活动或商店兑换，玩家能持续积累资源，增强挑战能力。
